辣椒根腐病主要危害辣椒根茎部及维管束。发病初始，病株枝叶特别是顶部叶片稍见萎蔫，傍晚至次日早晨恢复；发病中期，病株初期症状反复2-4天后，顶部叶片无法恢复，萎蔫症状向中下部扩散，浇水也无法减轻症状，再经2-3天，全株叶片全部娄蔫，但叶片仍呈绿色。发病后期，病株的根茎部呈淡褐色或深褐色腐烂，极易剥离，露岀木质部，可见维管束变褐色；潮湿时可见病部长出白色至粉红色黏质物，即病菌的分生孢子梗及分生孢子。
主要危害辣椒根茎部及维管束，发病初期，植株叶片特别是顶部叶片出现白天调萎、早晚恢复的现象；发病严重时，植株生长发育不良，株型矮小，根系腐烂，最后植株枯死但叶片仍呈绿色。