苹果树缺硼可使花器官发育不良，受精不良，落花落果加重发生，坐果率明显降低。叶片变黄并卷缩，叶柄和叶脉质脆易折断。严重缺硼时，根和新梢生长点枯死，根系生长变弱，还能导致苹果、梨、桃等果实畸形（即缩果病）。病果味淡而苦，果面凹凸不平，果皮下的部分果肉木栓化，致使果实扭曲、变形，严重时，木栓化的一边果皮开裂，形成品相差的所谓“猴头果”。
苹果树缺硼时早春或夏季叶子出现顶枯和丛生现象，顶枯后下部侧枝萌发出很多小而厚的小叶，叶色暗绿，形成“簇叶”。开花后花发育不良，花粉管生长慢，不能受精，大量落花。果实则表现为果实内出现斑块，形成缩果、软心或干斑。