辣椒炭疽病主要危害接近成熟的果实和叶片。果实染病后，最先出现湿润状、褐色椭圆形或不规则形状的病斑，患病部分会稍显凹陷，斑面出现明显环纹状的橙红色小粒点，后转变为黑色小点，此为病菌的分生孢子盘。
辣椒炭疽病危害的部位是叶片和果实。
辣椒炭疽病发生后，会造成大量落叶和烂果，通常减产20%-30%，严重影响菜农的经济效益。辣椒炭疽病主要侵染果实，也可危害叶片、茎和果梗。1、叶片染病，初为褪绿色水浸状斑点，逐渐变成褐色，中间淡灰色，病斑上轮生小黑点。果柄受害，生褐色凹陷斑。2、茎和果梗染病时，可出现不规则褐色病斑，稍凹陷，干燥时易开裂。3、果实受害，开始产生水渍状黄褐色近圆形或不规则病斑，继而稍凹陷，中央灰褐色，上有隆起的同心轮纹，轮纹上密生小黑点。