1、果受害症状：果实皮孔周围开始出现小块病斑，以后随着果实的生长发育，病斑逐渐扩大，接近采收期时，形成宽1～6毫米，深1～2毫米的斑点。病斑中部呈深褐色疤状稍凹陷，边缘呈暗紫色，大部分呈圆形。病斑以果实向阳面及萼部分布较多，病斑只发生在浅层，不引起腐烂。2、叶片受害症状：叶片中脉有逐渐坏死现象，叶背中脉出现褐色痂状坏死，叶片卷曲皱缩。
苹果苗立枯病因发生时期不同，可表现不同症状。1、种芽腐烂型：播种后，因土壤含水量高或板结，种芽出土前被病原侵人，破坏组织，引起种芽发霉腐烂，在地面表现为缺苗断垅。2、首腐型：主要在湿度大的地区发生，苗出土期被感染，造成茎叶腐烂。3、猝倒型：幼苗尚未木质化发病，苗茎茎部变褐色，呈水渍状，组织被破坏，使苗木迅速倒伏。4、立枯型：苗茎部木质化后发病，根部腐烂，病苗枯死但不倒伏。