主要为害地下根部或幼苗茎基部，初在病部现不整形或近椭圆形暗褐色斑，稍凹陷，病部扩展绕茎1周后致茎部萎蔫干枯，造成瓜苗死亡。
初在与地面接触的部位产生黄褐色病变、后病部凹陷形成大小不等不规则的病斑；成熟果实染病，形成大片的水渍状腐朽区域，后变褐干裂，湿度大时病部长出白色菌丝。
冬瓜立枯病主要发生在育苗后期、育苗盘处在较高温度条件下或直播田。主要为害地下根部或幼苗茎基部，初在病部现不整形或近椭圆形暗褐色斑，稍凹陷，病部扩展绕茎1周后致茎部萎蔫干枯，造成瓜苗死亡。早期与猝倒病相似，但猝倒病发病迅速，该病病程进展较慢，病部具不明显或明显的轮纹及浅褐色珠丝状霉，即病菌的菌丝体或菌核，别于猝倒病。
立枯病主要危害地下根部或幼苗茎基部。