1、辣椒种子用55℃温水浸种20分钟。或用多菌灵浸种1小时。或用种子重量0.3%的多菌灵加福美双拌种后播种。2、辣椒种植地实行3年以上的轮作发病严重的田块可进行水旱轮作或与瓜类、豆类蔬菜轮作。3、辣椒采用营养钵培育壮苗，适时定植，合理密植，采用高畦地膜覆盖栽培。4、雨后及时清沟排水，降低田间湿度，并预防果实日灼；辣椒适当增施磷、钾肥，增强植株抗性。5、辣椒及时打掉下部老叶，使田间通风透气；采收后，应及时清除田园中的病残体，集中烧毁或深埋，减少病原来源。6、辣椒炭疽病发病初期及时喷施药剂防治，药剂可用炭洁、农极客吡唑+世米、百菌清、或代森锰锌等。
辣椒炭疽病是真菌性病虫，喷雾杀菌剂效果好。