玉米锈病主要发生在玉米叶片上，也能够侵染叶鞘、茎秆）和苞叶。侵染初期，叶片两面初生淡黄白色小斑，四周有黄色晕圈），后突起形成黄褐色乃至红褐色疱斑，散生或聚生圆形或长圆形，即病菌的夏孢子堆。孢子堆表皮破裂后，散出铁锈状夏孢子。后期病斑或其附近又出现黑色疱斑，即病菌的冬孢子堆，长椭圆形，疱斑破裂散出黑褐色粉状物。发病严重时，整张叶片可布满锈褐色病斑，引起叶片枯黄，同时可危害苞叶、果穗和雄花。
发病后，叶片被橘黄色的夏孢子堆和夏孢子所覆盖，导致叶片干枯死亡。
玉米锈病通常发生在玉米生长发育的中后期，主要为害植株叶片，发病严重时也可侵染果穗、苞叶等。在发病初期，会在叶片的正反面着生淡黄色长形或椭圆形斑点，随后会迅速凸起形成红褐色孢子堆，孢子堆破碎后会散溢出铁锈状的粉色粉末，成为病原菌夏孢子，进一步侵染玉米植株；到了发病后期，病斑会形成黑色孢子堆，破裂后散溢出黑褐色的冬孢子。不管是夏孢子还是冬孢子，都是玉米锈病大范围发生的病原菌之一。