板蓝根，一般在10～11月地上部枯萎时挖收，因根长的深，需深挖。挖根时，从畦的一边挖起，先开约50厘米深的沟，然后顺序向前挖，切勿把根挖断。把挖出的根抖净泥土，晾晒或用火烘炕至七八成干，扎成小捆，再晒至全干，即为板蓝根，以根粗、长直、均匀、坚实、粉性足者为佳。一般667米2产干根300千克左右，高产可达400～500千克。
板蓝根一般在10月份地上部植株枯萎后刨根，宜在霜降后采收。
板蓝根在地上部叶片枯萎前、叶片尚保持青绿状态时，选睛天进行挖收。
一般为地上部植株枯萎后，10至11月进行采收。
春播板蓝根在水、肥管理较好的情况下，地上部正常生长。每年收割大青叶2～3次，第一次在六月中旬；第二次在8月下旬；第三次结合收根，割下地上部，选择合格的叶片入药。以第一次收获的大青叶质量最好。伏天高温季节不能采收，以免发生病害而造成植株死亡。