病菌虽喜34~36℃高温,但土温15~20℃时繁殖最快,在8~9℃低温条件下也可生长,故当苗床温度低时,幼苗生长缓慢,再遇高湿,则感病期拉长,很易发生猝倒病,尤其苗期遇有连阴雨天气,光照不足,幼苗生长衰弱发病重。当幼苗皮层木栓化后,真叶长出,则逐步进入抗病阶段。
年度间早春温度偏低、多阴雨、光照偏少的年份发病重；苗床间排水不良、通风不良，光照不足，湿度偏大的发病重；苗床土壤中含有机质多、且施用了未腐熟的粪肥等不利于幼苗根系的生长和发育，也易诱导辣椒猝倒病发生。育苗期应严格控水，浇水时要小水勤浇。