病菌以分生孢子和菌丝体在种子上或病残体上越冬，第二年棉籽发病后侵入幼苗，以后在病株上产生大量分生抱子，病菌随风雨或昆虫等传播，形成再次侵染。温度和湿度是影响发病的重要原因。若苗期低温多雨、铃期高温多雨，炭疽病就容易流行。整地质量差、播种过早或过深、栽培管理粗放、田间通风透光差或连作多年等，都能加重炭疽病的发生。
病菌以分生孢子在棉籽短绒上越冬，少数以菌丝体潜伏于棉籽种皮内或子叶夹缝中越冬，种子带菌是重要的初侵染源。然后，病部产生分生孢子借风雨、昆虫及灌溉水传播。棉铃染病病菌侵入棉籽。发病的叶、茎、叶落入土中，造成土壤带菌，引起苗期发病、又可经雨水冲溅侵染棉铃，引起发病。
病菌致病温度较低，棉花苗期遇到连续阴雨、低温的气候条件，发病严重。长江流域棉区棉花苗期多雨、春寒，因此炭疽病重于黄河棉区。土壤水分过多，危害加剧；湿度低下则不利发病。连阴雨的情况下往往导致温度下降，不利棉苗生长，易导致病害流行。