小麦赤霉病从苗期到穗期均可发生，引起苗腐、茎基腐、秆腐和穗腐，以穗腐危害最大。湿度大时，病部均可见粉红色霉层。
小麦赤霉病发生规律。病菌以菌丝体或子囊壳在麦桩、麦秆、玉米穗、甘薯等作物残体上越冬越夏，春季气温适宜时产生子囊壳(穗腐初侵染的主要来源)，子囊壳成熟后，不断向空中释放子囊孢子，随风雨传播到扬花的麦穗上引起发病。宝鸡地区一般在5月上旬可见零星病穗。5月中下旬为病害盛发期。小麦收获后，子囊壳、菌丝体在发病的麦秆和玉米秆的残体上越冬越夏。
当小麦拔节抽穗期遭遇高温连阴雨时及易感染赤霉病。
春季在小麦拔节育穗遭遇高温阴雨时易感染。
赤霉病在小麦扬花期田间湿度大的时候易侵入。
小麦生长的各个阶段都能受害，苗期侵染引小麦赤霉病的发生流行主要与小麦生育期、气候条件、菌源等因素引起苗腐，中后期侵染引起秆腐和穗腐，以穗腐危害性最大。