、高温高湿，持续降雨；2、果树老龄化，过去定干低，下层主枝果实多接近地面；3、因为多年来苹果疫腐病少有发生，土壤带菌量逐年累积，又未采取任何防范措施，为大发生提供了菌源；4、把苹果疫腐病误诊为炭疽菌叶枯病或褐斑病，错过了防治关键期。
苹果腐烂病一年中有两个发病高峰期，分别在3~4月和7~9月。3、4月份气温回升，树液开始流动，营养向生长点转移，树体枝干营养少，加上树体向阳面局部增温，导致营养不均衡、树体抗病能力降低，这种情况下腐烂病菌迅速扩展蔓延，从而形成春季发病高峰。5~6月，树体枝繁叶茂，营养开始向枝干积累，树体抗病性增强，病斑停止扩展。7~9月，果实迅速膨大，需要大量养分，导致树体枝干营养减少，病斑又开始扩展蔓延，进而出现秋季病发高峰。
干旱、缺肥、土壤盐碱化、水土流失严重、土壤板结、结果量大、滥用除草剂和不良施肥习惯都是诱发病害的重要原因。
该病是有多种病原菌共同造成的，包括细交孢菌，粉红聚孢菌，镰刀菌，盘端多毛孢菌，头孢霉菌。病原菌在苹果树体各部位，地面，僵果上越冬，这些病原菌在果园生长广泛存在，经气流传播。