番茄根腐病主要危害番茄根部，起初在主根和茎基部产生褐斑，后慢慢扩大凹陷，严重时主根变褐腐烂，导致地上部慢慢枯萎。
番茄根腐病可在其全生育期都会发生，以幼苗期和花果盛期最为严重。西红柿苗期发病时，会在幼苗的茎基部或根部产生水渍状病斑，进而围绕茎或根系扩展，引起幼苗枯亡。成株期发病，初期表现为茎基部或根部有水渍状褐色斑点，地上植株并没有明显的症状。病斑继续扩大后，会凹陷，地上部开始出现长势变弱，萎蔫现象，植株下部叶片先由叶尖开始逐渐变黄，后期病斑围绕茎部或根部一周后，水分和养分运输受阻，从而导致地上部枯萎，下部叶片枯黄，上部叶片仍呈绿色。
番茄植株最初叶片从下向上逐渐萎蔫，似缺水状，中午更为明显，早晚尚能恢复。数日后叶片由下向上逐渐发黄，全株叶片萎蔫，叶片灰绿，不能恢复常态。病株根部先期发黄，进而变褐，直至腐烂。剖开茎部其维管呈褐色，植株变矮，生长缓慢，果实变小，根腐病病菌为害番茄植株的根部，主要侵染主根和次生根，对于分布较广的毛细根则为害相对较小。
主要危害番茄根部，病初在主根和茎基部产生褐斑，后逐渐扩大凹陷，严重时主根变褐腐烂，导致地上部逐渐枯萎。