基本要求：要按照有机食品标准的要求进行选择，市场上无法获得有机种子或种苗时，可选用未经禁用物质处理过的常规种子或种苗，禁止使用任何通过基因工程获得的种子或种苗。
如何选择：要选择与当地的自然环境相适应，并且品质优良、营养丰富、生长周期短的品种，还需考虑种植目的和种植形式，选择适合的品种种植。
一、有机蔬菜种子种苗基本要求
1、按照有机食品标准（GB/T19630.1-2011）的要求选择有机蔬菜种子或种苗。当从市场上无法获得有机种子或种苗时，可以选用未经禁用物质处理过（如种子包衣）的常规种子或种苗，但应制订获得有机种子和种苗的计划。
2、应选择适应当地土壤和气候特征、对病虫害有抵抗性的蔬菜种类和品种。在品种的选择上，应充分考虑保护蔬菜的遗传多样性。
3、禁止使用禁用物质和方法处理的种子和苗。
4、禁止使用化学包衣种子，除非进行包衣的物质是有机蔬菜生产允许的，例如可以使用微生物包衣种子，以控制各种土传性病害及苗期病害。
5、种类和品种确定后，可以进行嫁接栽培的优先使用嫁接苗。
6、选择无病毒苗是控制蔬菜病毒病的唯一方法。
7、不允许使用任何通过基因工程获得的种子或种苗。
二、有机蔬菜种子种苗的选择
1、生产优质、富有营养的食品是有机生产的目标之一。应根据市场需求，选择适应当地土壤与气候环境生长，并具有品质优良、营养丰富、市场前景好、销路广的种或品种。
2、选择生长强、抗病虫、抗污染能力强、对有害物富集量少的种类和品种（种子）。例如，病虫害少的蔬菜有山药、芋头、菠菜、甜菜、胡萝卜、香芹、芹菜、茴香、牛蒡、莴苣、紫苏、薄荷、姜、韭菜、大葱、大蒜、洋葱等。如冬春季保护地栽培的番茄，应选择耐低温、耐弱光性好、抗灰霉病、抗晚疫病的种子；冬春季保护地栽培的黄瓜，应选择耐低温、耐弱光性好、抗霜霉病的种子；夏秋季种植黄瓜，应选择耐高温、结瓜性强、抗病毒病种子。
3、尽量选择生长期短、成熟期快的种类或品种，及时播种，避免蔬菜病虫害发病严重时期。
4、考虑品种的种植目的和种植形式。新鲜食物或加工对品种的要求不同，即使兼用品种对不同加工产品的要求也不同。不同的蔬菜对栽培方式、土壤条件等要求也不同，因此应根据当地的土壤种类和特性选择合适的蔬菜种类，根据蔬菜的需求采取高畦、平畦、垄等不同的栽培方式。