1、在有条件的地区推广深耕，可减轻50%以上的发病率；2、合理施肥、浇越冬水等健身栽培是减少田间发病及为害的有效农业措施。3、种子包衣是小麦茎基病防治的有效措施。酷拉斯是先正达优秀的小麦种衣剂，内含的两个杀菌剂成份对小麦茎基腐病。4、小麦茎基腐病从播种到收获均可发病，种衣剂减少返青前发病，但对后期发病防效下降；返青后拨节前喷雾是综合防治的重要一环。先正达扬彩是目前小麦田表现优秀的杀菌剂，亩用70ml，加水30公斤在小麦返青期喷雾，可有效减轻小麦茎基腐病为害，同时防治小麦纹枯病、白粉病、锈病等小麦中后期病害，增产效果明显。
小麦茎基腐病防治，选用抗病品种，增施有机肥和磷钾肥，合理轮作，加强肥水管理，用笨醚甲环唑等农药拌种，发病初期用氯溴异氰尿酸等农药喷施防治。
采取选用抗病品种，种子消毒，科学运用肥水培育壮苗，喷施多菌灵等药剂进行防治。
有效防治小麦茎基腐病，用种衣剂减少返青前发病。