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小麦茎腐病可以选择药剂拌种，即可有效防治。
像是小麦纹枯病，小麦拔节期，亩用有效成分井冈霉素10克，或井冈·蜡芽菌（井冈霉素4%、蜡质芽孢杆菌16亿个/克）26克，或烯唑醇7.5克，或苯甲·丙环唑6－9克、或丙环唑10克。选择上午有露水时施药，适当增加用水量，使药液能流到麦株基部。重病区首次施药后10天左右再防一次。
小麦茎腐病可以选择药剂拌种，可以使用杀菌剂喷雾。
