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高寒的气候与牦牛强健的身体会使养殖户放松对疫病的防治。调查表明，布氏杆菌病、副伤寒、双芽焦虫病等传染性疾病；皮蝇、疥螨、住肉孢子虫、球虫、线虫等内外寄生虫病都有发生。应定期检查、防疫注射，检查出阳性的及时治疗，以免在牦牛群中迅速传播。
冬季牧场牦牛的饲养管理主要是备足青稞饲料，防疫驱虫，定期检查，防疫注射，以免病、虫集中发病传染。加强春季产犊的护理，牦牛产犊季节相对集中。
