病羊表现缺乏营养，体质消瘦，被毛逆立、粗乱，且容易发生脱落，结膜通常呈苍白色，部分会发生黄染，排出糊状粪便，无力反刍，往往伴有臌气，导致腹部右侧明显膨大，对肝脏进行触诊发现体积增大，进行叩诊发现浊音区明显扩大，并伴有疼痛感。
轻度感染和感染初期通常无明显症状；严重感染的羊，被毛逆立，时常脱毛，肥育不良，肺部感染时有明显的咳嗽；咳后往往卧地，不愿起立。寄生在肝表面时，可能有消化不良等症状。
羊脑包虫病的主要表现为食欲下降，反应迟钝，长时间沉郁不动，遇障碍物时则奋力前冲抵物不动，两眼视力模糊，其眼内瞳孔上附有一层白膜。