引起番茄畸形果的因素主要有：一是花芽分化时温度偏低；二是光照不足；三是肥水管理不当；四是植物生长调节剂（即激素类药物）使用不当；五是苗龄过长；六是应用了畸形果发生率高的品种。
造成西红柿畸形果原因很:气候，管理技术跟不上，病虫害，品种原因，肥水条件不好，高温干旱，连阴雨，药害肥害等。
⑴番茄在持续低温，氮肥、水分及光照充足的条件下使养分过。分集中地运送到正在分化的花芽中，花芽细胞分裂过旺，心皮数增。多，开花后心皮发育不平衡而形成多心室畸形果。⑵花期使用生长素浓度过高，而果实发育养分供应不足；或点。花(喷花)后花朵尖端残留多余激素水滴，使果实不同部位发育不匀。，引起子房畸形发育。⑶水肥管理跟不上，缺硼、钙元素会加剧果实畸形病的发生。⑷春番茄苗期低温阴雨，光照不足或秋番茄苗期遇高温，影响。花芽分化，会大大增加第1~2花序的畸形果率。
主要有土壤肥力不足，温度调节不合理，肥水管理不当，营养失调，座果激素浓度偏高，病虫危害严重等原因。