水肥管理不当，气候异常等原因。
水肥不均衡，缺素，病害，田间管理措施不当。
浇水不均匀，气温高干旱造成的。
气候恶劣、肥水管理不当或病虫害都会产生畸形果。
蘸花激素浓度过高，尤其是在高温时期，要适当的降低蘸花浓度，否则也会形成畸形果，或者蘸花时间不合适，比如蘸花过早极易形成僵果，过晚则会引起裂果。
养分失衡。西红柿生长发育需要多种养分，如果缺乏某些养分时，也会造成其果实畸形，尤其是中微量元素的缺乏，比如缺钙、缺硼等容易造成畸形花、畸形果。如果营养生长过晚，或者在果期遇连续阴雨天气，极易造成植株徒长，影响到植株的生殖生长，使得花果生长所需养分不足，从而形成畸形果。
西红柿出现畸形果实的主要原因：一是品种因素；二是气候温度异常所致；三是缺乏某种营养元素；四是发生病虫害。