南瓜茎、叶、果均可染病。茎蔓部染病，病部凹陷，呈水浸状，变细、变软，致病部以上枯死，病部产生白色霉层。叶片染病初生圆形暗色水渍状斑，软腐、下垂，干燥时呈灰褐色，易脆裂。果实染病初生大小1厘米左右凹陷水渍状暗色至暗绿色斑，后迅速扩展，并在病部生出白色霉状物。
茎蔓发病较重，叶和果实发病较少，成株期受害重，苗期较轻。发病初期茎基部呈暗绿色水渍状，病部渐渐缢缩软腐，呈暗褐色，病部叶片萎蔫，不久全株枯死，病株维管束不变色。叶片受害产生圆形或不规则形水渍状大病斑，发展速度快，边缘不明显，干枯时呈青枯，叶脆易破裂。瓜部受害软腐凹陷，潮湿时，表面长出长稀疏的白色霉状物。