种子处理，用45～55℃温水浸种5分钟后接着闷种，待种子萌发后马上播种，既可保苗又可降低发病率；药剂拌种，用25%唑酮可湿性粉剂2克拌1千克高粱种，或用50%萎锈灵粉剂35克拌5千克种子，拌后播种。
轮作，选抗病品种，去病株，多菌灵拌种。
1.因地制宜地选用抗病品种。2.药剂处理种子是防治高粱黑穗病最重要，最简单，最有效的粉法。①2%立克秀按种子重量的0.1—0.2%拌种（米汤拌种）或50%禾穗胺按种子重量的0.5%拌种子。②用20%粉锈宁乳油100毫升，加少量水，拌种100公斤，力求混凝土拌均匀，摊开晾干后播种。③用20%萎锈灵乳油（或可湿性粉剂）0.5公斤，加水3公斤拌种40公斤，闷种4小时，晾干后播种。3.实行3年以上轮作，以减少土中菌量，是防治黑穗病的重要措施。4.提倡适期晚播，争取早出苗、出全苗。及时砍倒病株，在灰包破裂之前，将病株砍倒拉出地外集中销毁。
高粱黑穗病防治应实行轮作，并使用立克秀拌种，适期晚播，在发现病株时及时清除销毁，并使用萎锈灵乳油防治。