板蓝根菌核病危害茎叶部。叶受害时初为水浸状青褐色病斑，后全叶腐烂，仅留叶脉。茎受害时皮层腐烂，茎杆破裂成乱麻状，布满菌丝，茎内外及叶片有黑色鼠粪状菌核，以茎基部近土表处菌核最多，后期全株枯萎变黄死亡。
防治方法①播种时实行轮作，播种前用新高脂膜拌种，并在全园普喷护树将军杀菌消毒，减少病菌传播；②天气干旱时注意及时浇灌，以早晨或傍晚进行为宜，结合灌溉喷施新高脂膜800倍液保温保墒，防止水分蒸发，在板蓝根生长期适时喷施药材根大灵可促使叶面光合作用产物向根系输送，提高营养转换率和松土能力，使根茎快速膨大，有效物质含量大大提高；③发病初期用50%甲基托布津800倍液或65%代森锌600倍液喷洒茎叶，每5天一次，连喷3～4次，同时配合喷施新高脂膜800倍液提高药剂有效成分利用率，巩固防治效果。