病菌从根顶端附近的细胞间隙侵入，边增殖边到达中心柱产生毒素，堵塞导管，破坏根组织，阻碍水分通过。连续降雨后，天气晴朗，气温迅速上升时，发病迅速。
中国上海及长江中下游地区西瓜枯萎病的主要发病盛期在4-10月。西瓜枯萎病系土传病害，发病程度取决于当年侵染的菌量，生产上遇有日照少，连阴雨天多降雨量大及土壤黏重，地势低洼，排水不良，管理粗放的连作地，西瓜根系发育欠佳发病重；此外氮肥过量，磷钾肥不足，施用未充分腐熟的带菌的有机肥，或土壤中含钙量高，地下害虫为害重均易诱发此病。该病盛发于坐果期，病势扩大迅速，有的几天或十几天即蔓延全田。
西瓜枯萎病在西瓜生长的各个时期都可发病，伸蔓期至开花坐果期是西瓜枯萎病敏感期。幼苗发病时呈立枯状，病株茎蔓上的叶片自基部向前逐渐萎蔫，似缺水状，中午更明显。最初1-2天，早晚尚能恢复正常，数日后，植株萎蔫不再恢复，慢慢枯死。
病原菌可通过种子、肥料、土壤、浇水传播。以堆肥和沤肥为主要途径。