病菌以菌丝潜伏在种子内或随病残体在土壤中越冬。翌年侵染幼苗的根，从根尖或伤口侵入，也能直接侵染健根，进入导管，向上蔓延到植株各部。连作地、土温高、湿度大的瘠薄砂壤土易发病。
芝麻枯萎病是一种为害维管束的真菌型病害，芝麻枯萎菌以菌丝潜伏在种子内或病残体在土中越冬。翌年浸染幼苗的根，从根尖或伤口侵人，也能直接浸染健根，进人导管，向上蔓延到植株各部。连作地、土温高、湿度大的瘠薄砂壤土易发病。
芝麻枯萎病重茬的地块发病重，所以一般要求“三年两头种”。
病菌以菌丝潜伏在种子内或随病残体在土壤中越冬。翌年侵染幼苗的根，从根尖或伤口侵入，也能直接侵染健根，进入导管，向上蔓延到植株各部。