鸡传染性支气管炎和喉气管炎在病原学上有所不同。鸡传染性支气管炎是由传染性支气管炎菌感染引起的，而喉气管炎则是由鸡白喉杆菌引起的。因此，对于鸡传染性支气管炎和喉气管炎的鉴别诊断，首先需要进行病原学检测，以确定病原菌的种类。
在临床表现上，鸡传染性支气管炎和喉气管炎有相似之处，比如鸣喘、咳嗽、喘息、呼吸急促等。但也有一些不同之处。鸡传染性支气管炎的病鸟通常有严重的呼吸困难，喉头和喉咙处有明显的充血和炎症，有时还会有泡沫状分泌物。而喉气管炎的病鸟则主要表现为喉头和喉咙处的炎症和坏死，喉头和喉咙处有明显的白色渗出物。
除了病理表现不同之外，在治疗上也有所不同。鸡传染性支气管炎可以使用多种抗生素治疗，包括红霉素、土霉素、庆大霉素等。喉气管炎则需要使用针对白喉杆菌的特殊抗生素，如青霉素等。