病菌均以厚垣孢子在土壤、粪肥和种子上越冬。第二年春季高粱发芽后，病菌从芽鞘处侵入进入生长点，并随植株生长而系统扩展，到抽穗后表现症状。
①温、湿度高粱丝黑穗病的病原菌与土壤温度及含水量有密切关系，土温28℃，土壤含水量15%发病率高。春播时，土壤湿度偏低或覆土过厚，幼苗出土缓慢易发病。②轮作在重茬地种植高梁，高梁丝黑穗病发生严重；轮作时间越长，发病越轻。③品种不同品种抗病程度不同，田间发病存在差异。从无病区或无病田选留的优良高梁品种发病相对轻，自留种或发病区选留的种发病重。
此病为一种幼苗系统侵染病害，从种子发芽到幼芽1.5cm长为最适宜的侵染时期。高粱品种间抗病性差异很大。土壤温度及含水量与发病密切相关。5cm深的土壤温度在15℃左右，土壤含水量为18%-20％时，最利于侵染发病。土温低、播种过早、覆土过厚，引起高粱发芽出苗慢，使侵染期延长，发病重。连作田、翻地整地粗放、墒情不好的地块发病重。