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从幼苗到成株均可发病，幼苗期发生在茎基部和根系，病斑初为褐色点状，扩大后呈棱形、长条形或不规则形，稍凹陷大斑，病重时病斑呈“铁锈色”、红褐色或黑褐色，皮层腐烂呈溃疡状，重病株的主根和须根腐烂，造成“秃根”。
大豆得了根腐病根部产生黑褐色或褐色病斑，病斑多为长条形，有的凹陷。茎髓部变褐色或成空心。叶片下垂凋萎但不脱落，受害植株最初上部叶片变黄，随后整株枯萎死亡。
