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辣椒根腐病可以对土壤进行消毒处理。
药剂防治：要坚持带药定植，发现中心病株立及拔除，喷施、灌根、熏蒸并举，并及时用50%瑞毒铜1000倍液或绿乳铜800-1000倍液喷雾，防效较好。也可用50%甲霜铜500倍液、64%瑞毒铝铜250倍液进行防治，每隔7-10天喷1次，连喷2-3次。同时优选烟熏法或粉尘法防治。
可以做好排水工作，排出积水。使用发酵腐熟过的有机肥，平衡土壤PH值，改良土壤环境，增加透气性，对根腐病有很好的效果。
辣椒根腐病病菌在土壤中能存活3-5年，要尽量避免与瓜类、茄果类蔬菜连作，提倡与十字花科、豆科等蔬菜轮作，减少病菌在土壤中的积累。
选种抗病品种，加强田间管理，控制田间特别是土壤湿度，是植前每平方米土壤用5克50%的多菌灵处理土壤消毒，初发生时，每亩用杀毒矾2千克灌根防治。
采用水旱轮作，培育无菌壮苗，减少根腐病发生。
辣椒根腐病防治首先要做好品种选育工作，做好消毒给水施肥除草。
加强田园管理，做好病虫害防治工作。
选择抗病品种，加强田间管理，发病初期及时恶霉灵灌根。