小麦纹枯病主要采用化学防治与农业措施相结合的综合防治方法，播种时要选择抗病性较好的品种，不可将单一抗原品种进行大面积种植，播种前可用各菌腈悬浮剂、戊唑醇悬浮拌种剂、粉锈宁可湿性粉剂等药剂进行拌种，生长过程合理施用氮肥、磷肥、钾肥，提高小麦抗病能力，进入拔节期后可适量使用苯甲·丙环坐乳油。
播种前可用各菌腈悬浮剂、粉锈宁可湿性粉剂等进行药剂拌种等。
当小麦纹枯病病株率达10%时，应立即施药防治，可亩用240克/升噻呋酰胺悬浮剂20毫升，或10%井冈·蜡芽菌悬浮剂150～200克，或30%苯甲·丙环唑乳油20～30亳升，12.5%烯唑醇可湿性粉剂45～60克，以上药剂量任选一种，经二次稀释，对水30～40千克，在上午有露水时，对准麦株基部喷雾防治，重发田块施药7～10天后再防治一次。