生产实践中现行的免疫程序为，初生犊牛90日龄左右注射牛O型和亚洲I型口蹄疫联苗，间隔一定时间后注射A型口蹄疫疫苗；初免后，间隔1个月再用这两种疫苗进行一次强化免疫，每隔4~6个月免疫一次。
所有牲畜(牛、羊等)首免时均采取二次免疫法：即第一次免疫后间隔20~30天再免疫一次。成年牛：2岁以上3毫升/头.次，体格特大的种公牛4~5毫升/头.次；怀孕母牛在分娩前2个月注射；育成后备牛：4月龄~2岁，2毫升/头.次；犊牛：4月龄开始首免，20~30天后加强免疫一次；羊免疫：羔羊4月龄首免，20~30日加强一次；4月龄~2岁羊注射0.5~1毫升/只.次；2岁以上成羊2毫升/只.次；母羊在分娩前1.5月免疫。牛、羊免疫苗均采取深部肌肉注射方法，应在颈部两侧肌肉丰厚部位进行。免疫后2~3周开始产生免疫力，免疫保护期为6个月。