结合果树修剪，剪除病梢、病叶和病果，同时清除落叶、枯枝和落果，并集中烧毁，减少病源。冬季清园后，结合冬季病虫防治喷施一次石硫合剂，以消灭存活在树体的病源。
适时喷药，保护枝叶，预防病菌侵染，5月中下旬为病菌传播期，结合防治病虫，用50%退菌特500倍或80%大生M-45800倍，连喷两次，保护春梢。7月中旬至8月下旬，每隔15―20天用80%纯白多菌灵1200倍或70%甲托1000倍喷一次，保护秋梢。采果后至翌年3月中旬喷一次45%晶体石硫合剂400倍进行药剂清园。
柑橘炭疽病菌为弱寄生菌，树体营养好，抵抗力强，即可不发病。因此，加强橘园管理，培育强壮树势，加强肥水管理，防止冻害、日灼和机械损伤等措施，可使树势生长健壮，是防治炭疽病的根本途径。