玉米螟主要以幼虫危害玉米的叶片、茎秆、果穗、雄穗等部位，初孵幼虫主要为害玉米叶片的表皮及叶肉，随着害虫的逐渐长大，大龄幼虫潜入心叶内蛀食心叶和茎秆，被害叶片长出展开后，呈半透明薄膜状或成排的小圆孔，称为花叶；茎秆被害后，风吹容易发生茎折。玉米雌穗打包时，幼虫多集中在苞叶或雄穗包叶咬食雄穗；雄穗抽出后，幼虫又蛀入雄穗茎杆进行危害，被害后雄穗风吹易造成折断；雌穗长出后，大量老熟幼虫到雌穗上继续为害籽粒或蛀入雌穗及其附近各节，危害髓部组织，影响养分运输，使果穗发育不良，千粒重降低，形成早枯和瘪粒，减产很大。
蛀孔近圆形或长条状裂痕，呈褐色，中上部叶片逐渐出现黄绿色条纹。严重时个别叶片卷曲或出现排孔，心叶萎蔫。