1、种子及苗床消毒，播前用55℃温水浸种15分钟，进行床土消毒。积极防治地下害虫，避免根系出现伤口。2、与非茄科蔬菜实行3年以上轮作，用赤茄、托鲁巴姆等作砧木进行嫁接育苗，适时、精细定植，适量控制浇水，加强中耕，促进根部伤口愈合。3、发病初期可用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液，或50%苯菌灵可湿性粉剂1000倍液，或20%甲基立枯磷乳油1000倍液，或5%菌毒清水剂400倍液，或15%恶霉灵水剂1000倍液灌根，每株200毫升。
茄子黄萎病的防治主要采取以下措施：第一，选择抗病品种。第二，种子处理。用50%多菌灵可湿性粉剂500倍液浸种1～2小时，或55℃温水浸种15分钟，移入冷水中冷却后催芽播种；或选用2.5%适乐时悬浮种衣剂10毫升加35%金普隆乳化种衣剂2毫升，对水150～200毫升可包衣4千克种子进行种子杀菌防病。第三，农业措施。与非茄科作物轮作，最好间隔4年以上，也可短期与葱、蒜类轮作，或与水稻隔年轮作。土壤可采用太阳能高温处理。第四，药剂防治。苗期或定植前喷施50%多菌灵可湿性粉剂或70%甲基硫菌灵可湿性粉剂600～700倍液。
（1）实行3年以上轮作，施用充分腐熟的有机肥，采用配方施肥技术，适当增施钾肥，提高植株抗病力。采用高畦种植，合理密植，注意通风透气；施用石灰调节土壤酸碱度，造成不利病菌存活环境；合理灌溉，严禁大水漫灌，雨后排水，促进根系生长。（2）选用耐病品种。（3）新土育苗或床土消毒。用50%多菌灵可湿性粉剂8-10克，加土拌匀，先将1/3药土撒在畦面上，然后播种，再把其余药土覆在种子上。