一、选用抗病品种，种子采用55℃温水，浸种20分钟，然后用40%福尔马林100倍液，或浸种15-20分钟，捞出后用清水洗净，再催芽播种。或用种子量0.3%的40%拌种双可湿性粉剂，或0.3%的75%百菌清可湿性粉剂，或0.3%的50%异菌脲可湿性粉剂拌种。
二、提倡轮作，不与葫芦科作物连作或邻作。采取高畦宽垄栽培，合理密植，科学整枝，以利通风透光。加强温湿度调控，既要注意保温防寒，又要注意通风降温，以减轻病害的发生。加强肥水管理。合理施用腐熟的粪肥，增施磷、钾肥及微肥。生长期或收获后应及时清理田园，病残体不能堆放在棚边，要集中深埋或焚烧。
三、甜瓜苗床用50%多菌灵可湿性粉剂8-10克，与适量细干土混合均匀，取1/3撒入苗床或播种沟内，剩余的2/3撒于播后的种子上。注意苗床表土要保持湿润，以免发生药害。
四、在叶枯病发病后及时喷70%代森锰锌可湿性粉剂500倍液，或70%甲基硫菌灵可湿性粉剂800倍液，或75%百菌清可湿性粉剂600倍液，或50%异菌脲可湿性粉剂1500倍液，或50%速克灵可湿性粉剂1500倍液。隔7-10天再喷1次，连续4-5次。病情严重时，雨后补喷可提高防效。