带菌土壤和宿根病蔗为初侵染源。厚垣孢子借气流、雨水、灌溉水和昆虫传播后落在蔗芽上藏在鳞片间，遇水萌发形成侵染菌丝侵入蔗芽，菌丝经暂时休眠后随蔗随蔗芽萌发而恢复活动并随生长点向上蔓延，生长点受病菌刺激初形成白色鞭状物至厚垣孢子形成时抽出黑色鞭状物，产生的厚垣孢子再经媒介传播落到蔗茎的侧芽上，刺激蔗芽萌发，使甘蔗抽出侧枝或分蘖并表成鞭状物。
风水虫传播是病菌传播的主要途径。
潜伏在蔗芽里的菌丝和落入土壤中的厚垣孢子成为下一季甘蔗的初侵染源。
甘蔗黑穗病的病菌有不同生理小种。厚垣孢子萌发温限6～36℃，最适25～30℃。当土壤潮湿时，孢子可以48小时内全部萌发；在干燥土壤中，孢子可存活数月至1年。甘蔗黑穗病主要以厚垣孢子落在甘蔗蔗芽的鳞片后面越冬，也可以在土壤中越冬或萌发后暂呈休眠状态潜伏在蔗芽中越冬。
带菌土壤和宿根病蔗为初侵染源。厚垣孢子借气流、雨水、灌溉水和昆虫传播后落在蔗芽上藏在鳞片间，遇水萌发形成侵染菌丝侵入蔗芽，菌丝经暂时休眠后随蔗随蔗芽萌发而恢复活动并随生长点向上蔓延，生长点受病菌刺激初形成白色鞭状物至厚垣孢子形成时抽出黑色鞭状物，产生的厚垣孢子再经媒介传播落到蔗茎的侧芽上，刺激蔗芽萌发，使甘蔗抽出侧枝或分蘖并表成鞭状物。潜伏在蔗芽里的菌丝和落入土壤中的厚垣孢子成为下一季甘蔗的初侵染源。