稻曲病除选择抗性品种，加强水肥管理、增施磷钾肥，防止迟施偏施氮肥外，适期喷药预防是关键措施。建议在水稻破口前10天左右（孕穗大肚明显时）及时选用戊唑醇、肟菌戊唑醇（拿敌稳）、烯唑醇、氟环唑、烯肟菌胺.戊唑醇、井.烯.环唑、井冈腊芽菌、蜡质芽孢杆菌、咪鲜胺、苯甲嘧菌酯等药剂喷施预防，若阴雨或湿度较大天气日数多，破口期再防治一次，效果较好。若稻曲病已发生时，因防治效果较差，从成本及防效等角度不建议再选用药剂防治。
在水稻破口期前10天左右用咪酰胺防治。
水稻稻曲病，预防为主，水稻破口前5到7天，可以用丙环唑，已唑醇，戊唑醇，氟环唑，苯醚甲环唑-丙环唑，咪鲜胺等加磷酸二氢钾加有机硅喷雾预防。对于已经发生的稻曲病病斑，可以用铜高尚或者咪鲜胺帮病粒打爆掉。
防治水稻稻曲病最佳时期为抽穗前一周。
抽穗前用18%多菌酮粉150-200g或于水稻孕穗末期每667平方米，施药时可加入三环唑或多菌灵兼防穗瘟。抽穗前用18%多菌酮粉剂150-200g或于水稻孕穗末期每667平方米，施药时可加入三环唑或多菌灵兼防穗瘟。
水稻稻曲病适宜期在水稻破口期5~7天用药。