吴茱萸一般是在8-9月份果实成熟并且呈橙色的时候即可采收。采收时把果穗成串摘下，在阳光下晾晒，晾干之后揉去果柄并颠去杂质，并在通风处干燥储存。在采收的时候，不要损伤结果的枝条以免影响下一年吴茱萸的产量。
吴茱萸在栽植后到采收的时间是比较长的，大约需要3-5年左右。所以在种植过程中我们是无法保证其产量的，遇到一些水灾等自然灾害的时候，会严重影响吴茱萸的产量。然后便是销路了，我们在种植前一定要联系好销路。否则你品质再好、产量再高，卖不出去也是徒劳，几乎没有种植效益。这些都是种植吴茱萸主要的风险，所以我们绝不可盲目种植，避免导致种植失败。