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主要区别在于能否形成有收获价值的稻穗。大致标准为：亩茎在拔节时，分蘖能否独立营养，形态上即具有独立根系。一般情况下，分蘖有3张叶片以上方形成自己独立根系。
水稻的有效分蘖可以成穗，形成产量，而无效分蘖不能成穗，消耗养分，影响产量。
水稻有效分蘖和无效分蘖的主要区别是：穗着粒在5粒以下的称为无效分蘖，反之，为有效分蘖。
