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马铃薯有两种根系。用块茎繁殖的所发生根系为须根系。没有明显的主根和侧根之分，而用种子繁殖的实生苗植株为直根系，存在较明显的主根和侧根。
马铃薯栽培多用块茎作播种材料，当块茎萌发时，在幼芽基部靠芽眼处密集的3-4节节部发根，这部分根称为初生根，初生根分枝力很强，是主要吸收根系。随后在地下茎。根处的匍匐茎周围发根，每节3-4条，称为后生根。
