该病可侵害小麦植株地上部各器官，但以叶片和叶鞘为主，发病重时颖壳和芒也可受害。发病初期叶片上症状初发病时，叶面出现1~2mm的白色霉点，后逐渐扩大为近圆形至椭圆形白色霉斑，霉斑表面有一层白粉，遇有外力或振动立即飞散。这些粉状物就是该菌的菌丝体和分生孢子。后期病部霉层变为灰白色至浅褐色，病斑上散生有针头大小的小黑粒点，即病原菌的闭囊壳。
秆锈夏孢子单胞，长椭圆形，暗橙黄色，中部有4个发芽孔，胞壁褐色，具明显棘状突起。冬孢子双胞，棍棒状或纺锤形，浓褐色，分隔处稍缢缩，表面光滑，顶端圆形或略尖，柄上端黄褐色，下端近无色。小麦品种间对小麦锈病的抗性差异很明显。
典型病状为病部表面覆一层白色粉状霉层。组织受侵后，先出现白色绒絮状霉斑，逐渐扩大并相互联合成长椭圆形的较大霉斑或不规则形的霉层，表面渐呈粉状（分生孢子梗和分生孢子）。严重时粉状霉层覆盖叶片大部或全部，霉层厚度可达2mm左右。后期霉层渐变为灰色，上面散生黑色小颗粒（闭囊壳）。霉层下面及周围的寄主组织褪绿。病叶早期黄化、卷曲并枯死。茎和叶鞘受害后，植株易倒状。重病株通常矮缩，不抽穗。