清洁果园，修剪病枝：在柑橘春梢萌芽前（即2月底前），结合冬、春季修剪剪除病枝病叶，并收集烧毁，减少病菌初侵染来源。修剪后要求喷施一次0.5－1波美度的石硫合剂。清理排水沟：针对隐蔽湿度大的果园，要求果农修整沟渠，降低水位，通过深沟排水措施来降低园区内湿度，改变有利于病原菌的生长环境。加强树体管理：褐斑病病原菌易感染柑橘幼嫩组织，偏施氮肥的果园由于氮肥促进幼嫩组织的生长而发病较重。因此，要求果农避免偏施氮肥，增施氮、磷、钾肥以增强树势，提高抗病力。可喷施曼哈顿侯大师3号杀菌剂。
柑橘褐班病发病初期可用退菌特，呲咝醚菌酷，甲基托布津防治。
褐斑病发病前的话，可以选择保护性杀菌剂，例如代锰等，发病期可以选择內吸治疗性药剂，如苯醚甲环唑、戊唑醇等。建议合理配合使用其中以春梢1-3cm时和落花期，这2次防治最为关键，秋梢期根据发病情况再喷药1~2次。