以农业防治为主的预防系统，如有利控制的高产耕种、轮作制度，种植抗（耐）性强的优良品种及其合理的品种布局；培育无病虫的种苗，针对性的种子消毒、土壤处理。
小麦赤霉病，杨花期染病，灌浆期见病，一旦发生很难防治。赤霉病的防治采取预防为主，综合防治。在小麦抽穗后杨花5一10%进行喷药预防。
一般情况下，小麦先抽穗、后扬花，应于扬花10%-50%时施药；若穗期温度高，小麦边抽穗、边扬花，应提前至齐穗期施药。施药应抢在雨前进行，施药关键时期遇雨，应于雨隙喷药。
防治小麦赤霉病有句顺口溜，叫无花早盛花迟，见花打药正当时说的就是小麦未扬花时打药有些早，而在扬花盛期打药就已为时过晚，只有见花打药正当时，也是预防赤霉病的关键时期。
小麦赤霉病防治可以选用耐病品种种植，如苏麦3号、苏麦2号等；也可以在播种前用增产菌剂拌种，晾干后再播种；还可以在扬花初期，每亩用25%氰烯菌酯悬浮剂100-200毫升，或者40%戊唑·咪鲜胺水乳剂20-25毫升进行喷雾防治，每隔7天交替用药1次。