大蒜干腐病的病原以菌丝体、厚垣孢子等在土壤中越冬。田间操作，施用未腐熟肥料以及种蝇为害等造成茎基部及根部的伤口，有利于病原的侵入。大蒜干腐病病原生长温度范围为4～35℃，以25～28℃为最适宜。
病菌以厚垣孢子留在土壤中越冬，翌春条件适宜产生分生孢子，借雨水、灌溉水、地蛆、线虫等传播，从伤口侵入，在病斑上产生分生孢子进行再侵染。施肥不当或氮肥过多、土壤过湿及洋葱生长后期遇高温多雨天气易发病，地蛆为害严重或大水漫灌、田间积水或低洼地块发病重。根、茎部的伤口有利于病菌侵入。病菌生长的温度范围为4-35℃，适温为25-28℃，发病适温为28-32℃，所以，在接近成熟时，遇土壤高温，病害加重。贮运期间温度在28℃左右时，大蒜易腐烂，而8℃时却很轻。