1、芝麻立枯病的病原菌以菌丝体和菌核在土壤和病残体内越冬。2、芝麻立枯病的病菌在第二年地温高于10℃开始萌发，进入腐生阶段。遇适宜的环境条件，病菌从气孔、伤口或表皮直接侵入，引起发病。后病部长出菌丝继续向四周扩展。此外该病还可通过风雨、灌溉水、肥料或种子传播蔓延。
病菌以菌丝或菌核随病残体在土壤中越冬，成为翌年初侵染源。气温15～22℃或低温多雨易发病。
幼芽或种子刚破口甚至种子未发芽即可染病而烂于土中;也有幼芽尚未出土，白嫩幼茎即被感染连带种子一并烂掉。苗期猝倒则发生在幼苗出土后至5-6片真叶阶段，以子叶期为多。发病时，近土面的幼茎基部呈红褐色或黑褐色水渍状病斑绕茎，病处缢缩腐烂，阴雨天倒地死亡;天晴时幼茎干细如丝而直立，子叶垂萎。
病菌以菌丝或菌核随病残体在土壤中越冬，成为翌年初侵染源。
病菌以菌丝体或菌核在土壤和病残体中越冬。从气孔、伤口或表皮直接侵入，还可以通过风雨、灌水、肥料或种子进行传播蔓延。