日光温室长期处于塑料膜覆盖之下，缺少雨水淋溶作用，肥料流失少，加之施肥量往往过高，作物吸收不完全造成残留，使土壤溶液浓度过高，存在着不同程度的次生盐渍化、酸化、营养过剩等问题，且逐年加重。同时，病虫害的发生也很严重，造成大幅度减产甚至被迫将温室废弃，损失很大。如沁水县郑庄镇东大村的日光温室种黄瓜已长达4年，病虫害很严重，产量逐年下降，菜农损失很大。为了保证日光温室的生产效益和使用寿命，我们可以对日光温室采取一整套的管理措施，以改善日光温室的生态环境。
一、消除次生盐渍和过剩的养分
一些肥料如硝酸钙、硝酸钾、氯化钾等成分可溶解在土壤中，一方面，提高了土壤溶液的浓度，引起土壤pH值的降低，使铁、锰、铝等元素的可溶性提高，进一步提高了土壤浓度和土壤的渗透压。另一方面，日光温室冬季一般采用小水勤浇，无雨水和水的淋洗作用，使土壤表面盐渍化。因此，我们要充分利用7、8月多雨季节，也正是日光温室的休闲时节，在棚室周围挖排水沟，让雨水把盐分随水排走。或采用人工大水漫灌，将表面积聚的盐分下淋，减轻和消除土壤盐渍化。
二、消除土壤酸化和病菌
种植多年的日光温室，由于连茬或肥料的大量不合理施用，造成土壤酸化严重。一方面，不利于作物的生长，另一方面，有利于病害的滋生和蔓延。因此，在温室空闲时节，每亩可施入100公斤的生石灰，中和土壤酸性，当土壤酸化严重时，可施熟石灰，用量为生石灰的1/3或1/2。同时，也可把里面的墙体全部用石灰水涂一遍，以杀死潜伏的虫卵和病菌。三、高温闷棚、杀菌、消毒病虫害严重时，可利用空闲时节，密闭大棚，使室内温度达到60℃以上，可以杀死大量的病虫害；或先用1%的高锰酸钾喷洒消毒，再进行闷棚；或在炎热的夏季，深翻土壤，让土壤在夏季太阳强光下暴晒，也可杀死大量的病虫害。