立枯病的初次侵染源主要来自土壤、农作物的病残体和肥料等。病菌以菌丝体或菌核在病株残体或土壤中腐生越冬。翌年，病菌在萌动的棉籽和幼苗根部分泌物的刺激下开始萌发，可以直接侵入或从自然孔口及伤口侵入寄主。侵入的菌丝在棉苗上扩展很快，侵入十几个小时就出现症状，2~3d后即可造成死苗。病组织上的菌丝可以向四周扩散，继续侵染周围的棉苗，所以常见数株成片或成段的病苗。留在田间的病残体上的菌丝，产生菌核以度过不良环境条件，成为以后的病菌来源。
该病是通过土壤传染。一般早春低温、多雨、连作、土壤粘重、地势盐碱低洼、种子质量差、耕作粗放、早播棉发病重。阴雨低温，气温忽高忽低，寒流侵袭，可大大降低棉苗的抗病力，最容易诱发病害。4—5月份多雨，田间湿度大，土壤通气不良，棉苗受抑，病菌乘虚而入，病害发展蔓延。播种遇旱，播的过深，覆土过厚或播后遇雨，种子发芽不易顶土，也易引发病害。
立枯病主要危害草莓根部,在近几年的预防中,使用:北京鑫科植保红中柱根腐灵作用突出可与鑫科植保红中柱炭疽灵交替使用作用更明显,建议间隔2个月用用。
棉花棉苗立枯病的病菌主要以菌丝体和菌核在土壤中或病残体上越冬，较少以菌丝体潜伏在种子内越冬，但收花前遇低温多雨年份棉铃染病时，病菌侵入铃内，造成种子带菌，成为翌年初侵染源。
棉种萌发前侵染而造成烂种，萌发后末出土前被侵染而引起烂芽。棉苗出土后受害，初期在近土面基部产生黄褐色病斑，病斑逐渐扩展包围整个基部呈明显缢缩，病苗萎蔫倒伏枯死。拔起病苗，茎基部以下的皮层均遗留土壤中，仅存尖纫的鼠尾状木质部。子叶受害后，多在子叶中部产生黄褐色不规则形病斑，常脱落穿孔。此病发生后常导致棉苗成片死亡。在病苗、死苗的茎基部及周围、土面常见到白色稀疏菌丝体。