中药材栽培过程中，防止病虫害使用的农药残留超标问题是影响中药材质量极为重要原因。药农应对病虫害防治采取综合措施，保护生态平衡，减少农药残留。按照中药材标准化种植技术的要求，中药材病虫害防治应有针对性的采取相应措施，主要包括以下几个方面：
1农业防治技术
农业防治是指通过综合运用栽培管理技术措施，通过选用抗病、抗虫品种，培育壮苗，加强栽培管理，达到促进中药材植物正常生长发育，减轻或防治病虫害的目的。其主要方法有：
1.1合理轮作和间作
合理的轮作和间作可减轻病虫危害。不同科属中药材品种间进行轮作或中药材植物与其他粮食蔬菜作物轮作、间作时应选择和药材植物发生的病虫害不相同的作物进行间作。
1.2深耕细作，清洁田园
田间管理对中药材病虫害的发展有较大影响。及时除草，清理田间，修剪病虫残株及枯枝落叶，结合深耕细作可大大减少病虫害的发生率和危害程度。很多病原菌和害虫会在阳光照射下被直接杀死；而杂草是病虫隐蔽的主要场所，及时除草，将其集中烧掉或深埋，可以有效的防治病虫害；修剪病虫残株及枯枝落叶也可以使害虫失去寄生及以隐蔽场所。
1.3合理施肥和灌溉
合理施肥能有效促进中药材植物的生长发育，增强抗病能力。生产实践证明，偏施氮肥往往会加重病虫危害，而增施磷肥和钾肥，特别是钾肥可以增强植物抗病性。
通过科学灌溉可调节中药材生长，减少生理性病害发生。如阴湿条件下常发生药用植物的根腐病，若适当增施磷肥和钾肥，少施氮肥，然后配以挖沟、排水、控制温度等管理措施，可显著减少烂根。因为，根据药用植物特性采取有效的灌溉方式，也是防治病虫害行之有效的方法。
2物理机械防治技术
物理机械防治技术就是利用人工方法，简单的器械、温度、光等方法防治病虫害。主要方法有：
2.1灯光诱杀
在田间安装黑光灯，利用害虫的趋光性进行灯光诱杀。
2.2色彩诱杀
利用害虫对色彩的敏感性，在色板上涂抹胶状物进行诱杀。
3化学防治技术
化学防治是应用化学药剂进行药用植物病虫害的防治，具有作用快，效果好，使用方便等优点，是目前防治药用植物病虫害的重要手段。但如果使用不当会造成农药残留，环境污染和病虫产生抗性等后果。所以，化学防治要做到科学用药，其主要方法有：
（1）根据病虫害发生情况，合理用药，能不用药的尽量不用药，能少用药的尽量少用药，以达到减少污染或无污染的目的，保证药材的高质量。
（2）在特殊情况下，必须使用农药时，要选用高效、低毒、低残留农药、优先选用植物源杀虫剂、杀菌剂和增效剂，有限度的使用农用抗生素。允许使用少数低毒、低残留的化学合成农药。使用时应尽量减少用药次数，仅在防治的关键时期用药，严禁超量超限度使用。禁止使用国家禁用的农药。