蔓枯病是真菌类病害，种植冬瓜时应注意预防，尽量实施2至3年轮作，生长中做好雨后排水，并合理追肥。发病初期使用普菌克粉剂或斑粉脱、艾菌托等农药进行喷雾防治，也可对发病部位进行涂药，效果明显。
主要发生于茎、叶、果等部位。茎节最易发病，病部初呈暗褐色，后变黑色，病茎开裂，溢出琥珀色胶状物。叶部病斑多在叶缘处，半圆形黄褐色至淡褐色大病斑，后期病斑上散生小黑点。花发病引起幼瓜果肉呈淡褐色或心腐。叶片上病斑近圆形或不规则形，有的自叶缘向内呈“V”字形，淡褐色，后期病斑易破碎，常龟裂，干枯后呈黄褐色至红褐色，病斑轮纹不明显，上生许多黑色小点。茎蔓上病斑椭圆形至梭形，油浸状，白色，有时溢出琥珀色的树脂胶状物。病害严重时，茎节变黑，腐烂、易折断，病部以上枝叶萎蔫枯死。