发病初期，可选用88%水合霉素可湿性粉剂1500倍液，20%叶枯唑可湿性粉剂600倍液，20%噻唑锌悬浮剂300倍液，20%噻菌酮悬浮剂1000倍液，77%氢氧化铜可湿性粉剂800倍液，20%喹菌酮水剂1000倍液，兑水喷雾，视病情每5-7天喷一次。
辣椒疮痂病防治主要选择抗病品种，进行种子消毒，加强田间管理，实行3年以上轮作。发病时络氨铜或新植霉素防治。
加强田间管理，应及时深翻土壤，加强松土、浇水、追肥，促进根系发育，提高植株抗病力，并注意氮、磷、钾肥的合理搭配；同时在辣椒生长期喷施辣椒壮蒂灵提高授粉质量，果蒂增粗，防止落叶、落花、落果，使辣椒着色早、辣味香浓。
选用抗病品种；彻底清除病残枯枝；增施冲之道配土比加；0.1%高锰酸钾混合就苗海藻酸碘浸种；新植霉素4000～5000倍液混合花果医生果能多元素喷施。每隔7～10喷1次，连续2～3次。
辣椒细菌性疮痂病，细菌性病害，用四霉素、申嗪霉素，噻唑锌，中生菌素、乙蒜素、多抗霉素、农用链霉素、菌胺乙酸盐、氯溴异氰脲酸、春雷王铜、噻菌铜、或喹啉铜、氢氧化铜、松脂酸铜，叶枯唑、铜高尚、可杀得叁仟等喷雾，喷施均匀不要漏喷。控制湿度，不要大水漫灌。
选择抗病品种，种子消毒处理，加强田间管理，实行轮作，发病时喷施可杀得。